A II. Ratio Educationis viszonylag csekély változást mutatott az elsőhöz képest az egyetemi képzés tekintetében, és valójában 1848-ig a korábbi instrukciók határozták meg az oktatást. Az egyetem bölcsész fakultásán az episztemológia fejlesztése céljából a heraldika, a diplomatika és a numizmatika tanítását írta elő,²⁰³ a teológiai karon pedig az egyháztörténet különböző korszakait tárgyalták, felismerve azt, hogy a történelem oktatása különös jelentőséggel és haszonnal bír a teológia tanulmányozásához is (Utilitas Historiae in Theologicis, tum fontes, et subsidia veritatis historicae, demum chronologia, et critica).²⁰⁴

1825-ben és 1826-ban kidolgoztak egy tervezetet, amely az 1826/27-es tanévben lépett életbe. Két évre szállították le a bölcsészeti fakultás időtartamát, aminek következtében a tantárgyak struktúrája is változott. A bölcsészeti tárgyakat három osztályba sorolták, az első osztályú, kötelező kurzusok közé került az egyetemes és a magyar történelem, a másodosztályú, „szabad" tárgyak közé pedig a segédtudományok (a harmadik osztályba speciális tárgyakat soroltak fel, ide nem került történelemmel kapcsolatos kurzus).

A magyar nyelv ügyével foglalkozó törvények az egyetemi oktatásban is hoztak változásokat, 1844-től már a történelem tanítása is magyarul folyt, viszont a történelmi segédtudományokat továbbra is latinul oktatták.

203 Ratio Educationis, 1806. 100.
204 Ratio Educationis, 1806. 123.