A Gandhi Alapítványt 1992-ben független értelmiségiek és roma/cigány szervezetek alapították meg azzal a céllal, hogy az oktatás eszközeivel segítsék elő e népcsoport beilleszkedését, és hogy létrehozzanak egy roma/cigány gyermekeket oktató középiskolát, amelyet további hasonló középfokú oktatási intézmények sora követhet. Az alapítvány Pécsett elindította a Gandhi Gimnázium- és Diákotthont.

Miután a Magyar Köztársaság Kormánya az 1068/1995. számú kormányhatározattal az alapítványi célokat közfeladatnak ismerte el, államilag deklarálta a program és a roma/cigány nemzetiségi iskolahálózat megteremtésének társadalmi fontosságát. A kormány ekkor egyben határozatot hozott a Gandhi Közalapítvány létrehozásáról is, amit az tett szükségessé, hogy az igen nagy mértékű költségvetési támogatás felhasználása ellenőrizhetővé váljon. A közalapítványi forma biztos anyagi hátteret jelentett az intézmény számára, hiszen finanszírozása mindenkori közvetlen állami költségvetési tétel volt. 2011. január 1-től a közalapítványi fenntartási forma megszűnik.

A Gandhi Gimnázium 1994. január 31-én kezdte el működését Pécs egy külvárosában, s 2002. szeptemberben indult az intézmény második esély típusú oktatási tevékenysége a Felnőttoktatási Tagozaton. Az iskola beiskolázási körzete országos, bár a tanulók zöme a dél-dunántúli régióból kerül ki: Baranya, Somogy és Tolna megye településeiről. A Gandhi Közalapítványi Gimnázium és Kollégium tehát internátus, boarding school jellegű intézmény.